年末，南宫尚书台有雌鸡化雄，一身毛皆似雄，但头冠尚未变及发，洛中震恐，阉寺遮面而走，士人舆论汹汹当日，复又交州事变，四郡陷落南宫平城门无故自塌太祖为尚书郎，亲目所见，愕然当场待归，更与王允、田丰等急谋诛宦
熹平七年初，太祖迁为中都官从事，与王允等合推阳球为司隶校尉蔡邕欲上疏请诛宦，先以家人及藏书万卷托付太祖及疏上，果下狱论死太祖等奋力营救，改流放朔方王甫诬告灵帝宋皇后行巫蛊之事，灵帝废后，宋氏族诛于市帝师光禄大夫桥玄幼子被贼所挟，太祖设计救之玄壮其志，感其恩，乃自请为司徒领尚书事，以助太祖等诛宦
三月，朝议改元光和王甫使门生于京兆界辜榷官财物七千馀万，京兆尹杨彪发其奸，言之司隶时甫休沐里舍，颎亦归家球欲假诣阙谢恩，因奏甫、颎及中常侍淳于登、袁赦、封羽等罪恶，唯虑甫闻讯入宫相持，便不敢行太祖乃自告奋勇，率义从堵截其舍待至，不及阳球得旨，太祖即刻亲持刃相博，引义从攻杀入舍，先擒甫及子萌，复拖其发冠至门前看管甫卧于血泊，惶然问曰：“不得旨而杀两千石，死罪无赦，于君何益？”太祖慨然应曰：“汝父子族人五毒俱备，贪鄙殘命，天下苦之久矣！既已发动，自有进无退，便以亡命江湖，亦要为天下诛汝曹！”既攻，洛中士民临街而观，复闻此言，皆踊跃相颂，固知王甫无生矣太祖既诛王甫，复磔其尸于夏城门，大署榜曰“贼臣王甫”尽没入财产，妻、子皆徙比景左右或劝曰：“行事酷烈，早晚或遭反噬”太祖凛然对曰：“日食地震，雌鸡化雄，若不尽诛彼辈，大汉焉有早晚？”
太祖与阳球等诛灭王甫、段熲、陈玖，驱除袁赦、张奉、淳于登等，独曹节奸狡，先入北宫，以是脱逃阳球与永乐少府陈球、步兵校尉刘讷、司徒刘郃合谋诛节，欲成全功谋尚未发，节竟以顺帝虞贵人章陵之葬，说动中常侍张让、赵忠等，复为大长秋、尚书令，节制羽林、虎贲两军，其势更炽翌日，四公以谋逆罪下狱，旋遇害太祖时在城外，闻讯急回，擒节弟破石为质，自至尚书台独会节，迫其赦四公家眷时桥玄在侧，见而赞曰：“文琪内刚而外刃，锋利为天下冠”审配时为陈球家臣，因之归心于太祖，甘为驱驰，太祖亦视其为股肱节归家，喟然叹曰：“吾老矣！天下昏昏，能全我家者，必此子也”乃遣人送女孙至太祖处赵皇后知之，遂往魏郡节族中下聘，求为太祖侧室，即冯夫人也
光和元年六月，灵帝开西园，朝廷凡授官，皆以秩纳钱太祖恰出为辽东襄平令，闻之大怒，自尚书台奉书即行，曾不稍顾张让、赵忠，面面相觑，竟不敢问行路中，闻曹操弃职返乡太祖与操志趣相仿，素与之善，又思沛国乃文皇后故乡，遂携娄圭、韩当，轻骑至谯县谒之操亲族曹仁、曹洪、夏侯惇、夏侯渊等，俱一时良才，与太祖相见亲切，乃共议时局，相为激励不可失丈夫青云之志初，有黄龙现于谯后三年，太祖与操共浴于涡水，复遇毒蛟，杀之操妻丁夫人素贤，闻太祖尚无嗣，乃选己家乐姬颜色最好者赠之，太祖纳为侧室，即卞夫人也太祖与操辞别，闻北海王修有贤名，专往访之，求为幕僚，遂浮海至辽东
太祖自诛杀王甫，面斥曹节，声名日显，渐为天下重襄平长吏受取贪饕，依倚贵势，历前令不见举；闻太祖至，一日尽去于是政教大行，一县清平辽东边郡，夷狄丛生，杂胡或百十为聚，或上万为国，然俱慕王化，向往中国唯高句丽自矜部众蕃庶，山河险固，有进取辽东，宰割塞外之念，故长以汉为敌国辽东百姓，颇受其苦太祖履任，即欲为民除此大害，尚未定策适高句丽亦欲图汉，仿马邑之谋，遣其国贯那部贵人至襄平，诳言其王老衰，诸部争位，欲请太祖率汉军为援，将以有报也太祖洞烛其奸，伪与之盟俟冬日，尽发辽东民团，又遣公孙越、公孙范往募诸部杂胡，整军八千余，自备粮秣，往攻高句丽公孙氏旧吏玄菟郡别部司马徐荣，壮太祖之举，自引本部千五百精骑往助将发，赵皇后遣家人送白马旗至，以做激励，众皆以为吉
高句丽屯塞坐原，连营十一，凡十余年汉军屡不得下，边境苦之军至，太祖令速攻，众皆以为不可太祖曰：“汝等未解兵法之妙！”，遂严令韩当为先锋，急攻之，贼惶恐大惊，以至中军刚至，前军已破二营太祖遂令兵马不驻，直趋向前，又亲持白马旗，督师至敌营门前而坐，敌当即大溃，全营尽失众将叹服，皆以为当乘胜追击，长驱直入，请于太祖，太祖曰：“高句丽，大国也坐原虽失，精兵未损且关山险远，后勤艰难以孤军入险境，吾不为也！”遂令全军加筑营垒，严守不出凡五日，高句丽倾举国之兵五万来攻，汉军据垒坚守，激战三日，贼死伤惨重，粮矢将尽审配自玄菟郡率四千军来援，贼无奈退兵太祖拜荣为骑兵司马，总揽全军骑军七千，效鄢陵之战，